آموزش مقدمات 

سید علی آموزش درس های طلبگی را از کلاس پنجم دبستان در مدرسه دارالتعلیم دیانتی آغاز کرد. یکی از آموزگاران مدرسه ، آقای احمدی، که خود روحانی بود، پیشنهاد کرد کتاب جامع المقدمات را به چند دانش آموز علاقه مند آموزش دهد. علی آقا و تنی چند از شاگردان پذیرفتند درس آموز آقای احمدی باشند. 

علی آقا جامع المقدمات را نزد مادرش آغاز کرده بود. و از همو شنیده بود: معلم العلم معرفة الجبار امثله و بخشی از شرح آن را از او فرا گرفته بود. صرف میر را هم از پدر آموخته بود. آموزش عوامل فی النحو  را با روحانی  مدرسه شروع کرد. "از آن مدرسه که بیرون آمدم...تقریبا جامع المقدمات را تمام کرده بودم." او بخشی از کتاب انموذج را از آقای حسین عبایی فرا گرفت. 

در همین دوره، گاه بالاجبار در درس های مقدماتی پدر که به سید محمد می آموخت حاضر می شد و از تنبیهات آموزشی حاج سید جواد، که همان فرود دست سنگین او به بیخ گوش باشد، بی نصیب نمی ماند. روزی که می خواست درس سیوطی را برای پسر بزرگش آغاز کند، در کنار اسم سید محمد، نام او را هم برد: محمد آقا...علی آقا. 

ابتدا سیوطی بود و سید محمد باید ابیات اول کتاب را که جلسه گذشته درس گرفته بود بخواند: قال محمد هو ابن مالک احمد ربی الله خیر مالک...نتوانست. جابه جا گفت، که ناگه دست پدر روی صورت سید محمد سقوط کرد. محمد آقا گریه سر داد و از زیر کرسی در رفت. این رخداد آموزشی بارها تکرار شد. وقتی این دو برادر شرح لمعه را از حاج سید جواد فرا می گرفتند، باید درس روز گذشته را به یاد می داشتند و به پرسش های پدر پاسخ درست می دادند. 

قرار نا نوشته این بود که هر کس نتواند جواب دهد، کتک بخورد. رقابت سختی برای دور نشستن از پدر وجود داشت. حاج سید جواد در پشت طول میز علمایی خود می نشست و پسران، پشت عرض آن؛ میزی که 80 در 40 سانتی متر مساحت داشت. کرسی کوچکی بود که دست پدر راحت به آن طرف می رسید. " محمد آقا را هول میداد جلو. با این که او بیشتر کتک خور بود یعنی دست پدر به قصد او بلند می شد اما غالبا روی سر بنده فرود می آمد" 

اما "من کمتر پدری را دیدم که این قدر نسبت به فرزندانش محبت داشه باشد...من چهارده پازنده سالم بود. من و برادرم محمد آقا از پدرم اجازه می گرفتیم و می رفتیم ییلاق برای گردش و تفریح. با دوستان طلبه می رفتیم وکیل آباد...یک روز صبح تا عصر نبودیم. شب که برمی گشتیم، خسته و کوفته می خوابیدیم. پدرم که از نماز بر می گشت، ماها را توی خواب می بوسید...طاقت نمی آرود. از صبح ما را ندیده بود. اینقدر دلش تنگ شده بود." 

 ورود به دنیا طلبگی 

در پایان دوره دبستان، آینده سید علی و راه پیش رو، همان ورود به دنیای طلبگی، کسوت روحانیون و آموزش در حوزه علمیه بود. "چه زمانی فکر آینده افتادم؟ یادم نیست. اما این که در آینده زندگی خودم  بنا بود چه شغلی را انتخاب کنم، از اول برای خود من و برای خانواده من معلوم بود. همه میدانستند که من بناست طلبه و روحانی شوم. این چیزی بود که پدرم می خواست و مادرم به شدت دوست می داشت. خود من هم علاقه مند بودم." 

وی از پایان دوره دبستان تدریس می کرد؛ انموذج و صمدیه می خواند، شرح امثله و صرف میر درس می داد.  شاگردان او دو روضه خوان مشهدی بودند. رفته بودند پیش حاج سید جواد خامنه ای و خواسته بودند شرح امثله و صرف میر به آنان درس دهد. پدر هم آنان را حواله داده بود به پسر 13 ساله اش، سید علی. "گفته بود لازم نیست مرا معطل کنید برای این کار؛ فلانی هم کافی است." 
تا مدت ها به این دو مرد روضه خوان درس می داد. محل تدریس او مسجد شاه بود. تفاوت سن و جثه به اندازه ای بود که سید علی را در هاله ای از خجالت نگه دارد، اما او کارش را دامه داد. 

***نخستین منبر 
آشنایی با این دو روضه خوان بزرگسال، زمینه منبر رفتن سید علی را فراهم کرد. یکی از اینان کاظم طالبیان بود که هر هفته روزهای چهارشنبه پیش از ظهر در خانه اش روضه زنانه برپا بود. در مشهد رسم است وقتی روضه خوانی صاحب مجلس باشد، بقیه مداحان در خانه او حاضر می شوند و روضه خوانی می کنند. به این،روضه نافله می گویند؛ چون پولی در کار نیست و مداحان  با همان جیبی که آمده اند، مجلس را ترک می کنند. طالبیان به سید علی نوجوان پیشنهاد کرد در مجلس او سخنرانی کند." گفتم: من منبر بلد نیستم. گفت چه عیبی دارد؟ گفتم از پدرم می پرسم. پدرم گفت: خیلی خوب است. مرا تشویق کرد که حتما برو. گفتم بلد نیستم. گفت از روی کتاب به تو یاد می دهم ...کتاب را ببر و از روی آن بخوان؛ یواش یواش راه می افتی." 

پدر جلاءالعیون مجلسی را از کتاب خانه بیرون کشید و بخشی که مربوط به زندگی امام محمد باقر(ع) می شود، پیش روی او گشود و گفت که بخواند. خواند تا اگر اشتباهی می کند، پدر تصحیح کند. پس از آن مجمع الفروغ را به دست گرفت و چند مسئله را به پسر یاد داد. سید علی که تا آن زمان فقط کتب درسی جا به جا کرده بود، این بار دو کتاب بزرگ تاریخی و فقهی را زیر بغل گرفت و راهی خانه طالبیان شد. 
صاحب مجلس که دید آخوند نوجوان با دو کتاب قطور پا به خانه اش گذاشته، مطمئن شد که این هفته منبری خواهد داشت. " به شدت خجالت کشیدم...بعد از چند روضه نوبت من شد. گفت: آقای خامنه ای بفرمایید...می ترسیدم. نمی دانستم  چه می شود رفتم توی اتاق زن ها." 

منبری با دو سه پله در اتاق جا خوش کرده بود. روی پله اول نشست و سرش را پایین انداخت. زنها به نوجوانی خیره شده بودن که داشت مجمع الفروع را باز می کرد. مسئله ای در باب اعمال مستحبی خواند. 

کتاب را بست جلاءالعیون را باز کرد و دو صفحه ای که پدر از زندگی حضرت محمد باقر (ع) نشان کرده بود را خواند. منبر سید علی نسبت به روضه هایی که مداحان حاضر می خوانند طولانی شد. از اتاق که آمد بیرون  یکی از روضه خوان ها، شیخ صابری، که شوخ طبع هم بود با لهجه غلیظ  خراسانی گفت که می خواستی  تا آخر کتاب بخوانی؟ بر خجالت های علی آقا افزوده شد. هنگام خروج از خانه، طالبیان "یک اسکناس پنج ریالی نو به من داد به عنوان پول منبر. با این که به روضه خوان ها پول نمی دادند، اما به من داد. گفتم: نمی خواهم." 
بسیار اصرار کرد. سید علی با آن اسکناس به خانه بازگشت. تا آن زمان کسی چنین پولی به او نداده بود. علی آقا خبر این پاکت را به پدر رساند. اوقات حاج سید جواد تلخ شد و تشر زد که بی خود گرفتی؛ دیگر این این کارها نکن. این نخستین منبر زندگی سید علی خامنه ای با همه تلاطمات بود.

***نهضت ملی شدن نفت 

پس از پایان دبستان، راهی حوزه علمیه شد و این زمانی است که لایحه ملی شدن صنعت نفت از تصویب مجلسین گذشته و پرچم ایران بر فراز پالایشگاه آبادان افراشته شده بود. در مشهد مردم برای حمایت از این موضوع در یک گردهم آیی ده هزار نفری در صحن نو حرم مطهر شرکت کردند و به سوی خیابان طبرسی راه باز کرده، تابلو شرکت ملی نفت ایران را به جای شرکت نفت انگلیس و ایران، بر ساختمان این شرکت نصب نمودند. مقاومت انگلیس در برابر این خواست ملی.

کشاندن موضوع به دادگاه لاهه در مشهد نیز واکنش داشت و در اجتماعی که گروه های مذهبی  و ملی برپا کردند از دخالت نابجای دادگاه لاهه در ملی شدن صنعت نفت ابراز انزجار نمودند. سید علی نوجوان از اجتماعات بزرگی که در مهدیه به همت علی اصغر عابدزاده تشکیل می شد با خبر بود و می دید که حاجی عابدزاده، محمد تقی شریعتی و شیخ محمود حلبی توانسته اند مشهد را برای خلع ید انگلیس از صنعت نفت ایران فعال نگه دارند. با تلاش نامبردگان بود که "جمعیت های موتلفه اسلامی" در مشهد شکل گرفت و برای مدتی پیشگام فعالیت های سیاسی در این شهر شد. 

طرفداران  سید مجتبی نواب صفوی نیز از اعضا تشکیل دهنده جمعیت های موتلف اسلامی بودند. سید علی، پیش از این یک بار آیت الله سید ابوالقاسم کاشانی را دیده بود و در مراسم استقبال از او قرآن خوانده بود، اما این روزها نام او را بسیار می شنید. به ویژه با آمدن افصح المتکلمین اراکی نماینده آقای کاشانی  به مشهد. 

آن روز در مشهد جار زدند که "میتینگ" است. برای اولین بار که کلمه میتینگ را می شنید. می خواست ببنید که چیست این کلمه جار زده شده که مردم را هم به تب و تاب انداخته است. راهی مسجد گوهر شاد، محل میتینگ شد. "دیدم جمعیت جمع است. باران می بارید. منبر گذاشته بودند. افصح المتکلمین روی منبر ایستاده بود. دیدم فرقش با منبر این است که مردم در جلسه منبر روی زمین می نشینند، منبری هم آن بالا می نشیند. این جا مردم ایستاده اند، او هم آنجا ایستاده." 

سید علی بلندگو را هم آنجا دید. صدا در تمام مسجد گوهرشاد پخش شد. وقتی سر چرخاند دید که بوقی بالای حوض مسجد گوهر شاد که سیمی هم به آن آویزان است، صدا را پخش می کند. دیگر نیازی نبود افراد در فواصل معین بایستند و کلمه ها و جملات سخنران را تکرار کنند تا به گوش حاضران برسد. 

اهالی مشهد خبر سقوط دولت دکتر محمد مصدق در 28 مرداد 1332 را از رادیو شنیدند. گروه های سازمان یافته و دست به غارت سلطنت طلب، همراه نیروهای نظامی و انتظامی در پناه دو خودرو زرهی در سطح شهر نمایان شدند. حمله به برخی اماکن، مغازه ها، مطبوعات و ساختمان ها در دستور کار اوباشی بود که اینک غم بی آلتی شان مرتفع بود. از این جمله بود حزب ایران که دفترش در نزدیکی خانه مسکونی آیت الله سید جواد خامنه ای قرار داشت. الواطی که از افسردگی به در آمده بودند برای غارت دفتر حزب ایران راهی این محله شدند. "یادم نمی رود آن حادثه تلخی که دیدم...عده ای راه افتادند توی کوچه و می گویند زنده باد شاه، و حزب ایران را غارت کرده بودند...اثاثیه مرکز حزب ایران و همچون مغازه چند نفری از افرادی که وابسته به حزب بودند...آن منظره هنوز جلوی چشم من است."